Una vez se tenga la tierra ya preparada para cultivar, existen dos métodos para cultivar: sembrar aplicando las semillas directamente al suelo o producir plantines o almácigos y posteriormente trasplantarlos. Para el sistema biointensivo se hace a a través del segundo pues permite reducir al mínimo la tasa de mortalidad de las plantas y aumentar la productividad.
La etapa de producción de los plantines es una de las más importantes y se realiza en un un ambiente controlado cerrado llamado vivero o invernadero. Su función es asegurar que las semillas germinen y crezcan sanas aproximadamente hasta tener una altura de 10 a 15 cm. Como analogía es como una especie de incubadora donde se cuidan a los bebés cuando recién nacen hasta que sean lo suficientemente fuertes para poder exponerlos. En esta etapa más que nunca el sustrato, la humedad, la radiación y la temperatura son de vital importancia.